В зависимости от модели, кондиционеры Funai оснащаются многоступенчатой системой фильтрации. Базовые фильтры задерживают крупные частицы пыли и пуха. Многие модели дополнительно комплектуются антибактериальными фильтрами (например, с ионами серебра или катехиновым покрытием), которые подавляют рост бактерий и вирусов, а также угольными фильтрами для поглощения неприятных запахов. Некоторые инверторные серии имеют функцию самоочистки, которая предотвращает образование плесени внутри блока.